В ГУП «Водоканал Санкт-Петербурга» работают около 8 тысяч человек.
В состав ГУП «Водоканал Санкт-Петербурга» входят 9 филиалов:
- Водоснабжение Санкт-Петербурга
- Водоотведение Санкт-Петербурга
- Транспорт и логистика
- Единый расчетный центр
- Центр реализации инвестиционных программ
- Информационно-образовательный центр
- Медицинский центр
- Инженерно-инновационный центр
- Центр реализации социально-экономических программ
Руководство ГУП «Водоканал Санкт-Петербурга»:
Генеральный директор - Феликс Владимирович Кармазинов
Первый заместитель генерального директора - Евгений Иванович Целиков
Заместитель генерального директора - Анатолий Кириллович Кинебас
Заместитель генерального директора по экономике и финансам - Галина Викторовна Задорожная
Заместитель генерального директора по капитальному строительству и инвестициям - Татьяна Михайловна Гребенская
Заместитель генерального директора по производству - Евгений Анатольевич Мельник
Заместитель генерального директор по проектам развития - Дмитрий Александрович Карлик
Главный бухгалтер - Галина Алексеевна Хачатурова
Директор по безопасности - Владимир Владимирович Кабанов
Директор филиала «Водоснабжение Санкт-Петербурга» - Михаил Никодимович Ипатко
Директор филиала «Водоотведение Санкт-Петербурга» - Михаил Давидович Пробирский
Директор филиала «Транспорт и логистика» - Алекcандр Васильевич Максимов
Директор филиала «Центр реализации инвестиционных программ» - Сергей Владимирович Абрамчик
Директор филиала «Информационно-образовательный центр» - Виктор Дмитриевич Козлов
Директор филиала «Медицинский центр» - Александр Анатольевич Сидоров
Директор филиала «Центр реализации социально-экономических программ» - Юлия Анатольевна Азовцева
Директор филиала «Единый расчетный центр» - Татьяна Владимировна Мамаева
Директор филиала «Инженерно-инновационный центр» - Сергей Николаевич Волков